Das Finanzamt kündigt eine Außenprüfung in der Regel mindestens eine Woche im Voraus an, meist telefonisch. Eine Ankündigung per E-Mail ist abgabenrechtlich nicht zulässig. Zu Beginn des Verfahrens weist sich die prüfende Person aus und übergibt dem Unternehmen den Prüfungsauftrag. In diesem sind die zu prüfenden Steuerarten und Zeiträume sowie der genaue Prüfungsbeginn angegeben. Der Prüfungsauftrag gilt als Bescheid.
Die Prüfung findet grundsätzlich im Betrieb statt, kann aber auch in der Kanzlei des steuerlichen Vertreters durchgeführt werden, was in der Praxis oft sinnvoll ist. Während der Prüfung hat die prüfende Person das Recht, Bücher, Belege und Aufzeichnungen einzusehen, den Betrieb zu besichtigen und Auskünfte einzuholen. Werden Bücher elektronisch geführt, sind die Daten in maschinenlesbarer Form – als Text- oder XML-Datei, jedoch nicht als PDF – auf einem Datenträger bereitzustellen.
Den Abschluss bildet die Schlussbesprechung, in der die Prüfungsfeststellungen erörtert werden. Über diese Besprechung ist eine Niederschrift zu erstellen, in der auch abweichende Rechtsansichten des Unternehmens aufgenommen werden sollten. Eine Unterschrift dieser Niederschrift bestätigt lediglich, dass das Gespräch stattgefunden hat, nicht jedoch eine inhaltliche Zustimmung. Unterschiedliche Rechtsansichten und die Darstellung von entlastenden Sachverhalten sollten festgehalten werden. Auf Basis des anschließenden Prüfungsberichts ergehen gegebenenfalls berichtigte Steuerbescheide, die das Unternehmen innerhalb eines Monats anfechten kann.